Crime organizado e terrorismo são conceitualmente diferentes, embora estejam cada vez mais embaralhados. A principal diferença está na finalidade. O objetivo de uma organização terrorista é de natureza política, ideológica ou religiosa. O dinheiro é importante, mas desempenha um papel indireto – não é um fim, mas um meio que serve a um propósito mais elevado.
A intenção é intimidar a população e obrigar determinado governo a mudar seu comportamento. Já organizações criminosas, como cartéis e gangues, atuam exclusivamente para obter benefícios financeiros ou materiais – a violência e a coerção são apenas uma ferramenta para cumprir a missão.
Se os objetivos são diferentes, as atividades de terroristas e de grupos criminosos muitas vezes se sobrepõem. O exemplo mais conhecido é quando terroristas usam o crime organizado para financiar suas ações.
Na outra ponta, os cartéis também podem adaptar táticas terroristas para cumprir seus objetivos. Quando isso acontece, organizações criminosas e grupos terroristas formam uma aliança que vai de um relacionamento pontual de curto prazo até uma cooperação direta de longo prazo.
De acordo com a DEA (agência antidrogas dos EUA), hoje quase a metade dos grupos terroristas tem relações com organizações criminosas. Nos anos 80, sob pressão da polícia italiana, os guerrilheiros das Brigadas Vermelhas buscaram ajuda da Camorra, a máfia napolitana.
Alguns especialistas latino-americanos, como a venezuelana Vanessa Neumann, apontam para uma colaboração cada vez maior entre cartéis mexicanos e terroristas islâmicos. Os túneis cavados entre Israel e Gaza teriam as impressões digitais do cartel de Sinaloa, enquanto as decapitações realizadas pelos narcotraficantes do Jalisco Nova Geração seriam inspiradas no Estado Islâmico.